Dunaj priteká na Slovensko cez Devínsku bránu, kde k sebe priberá aj svoj prvý prítok na našom území, rieku Moravu. Na 172-kilometrovom slovenskom toku je na rieku naviazaných viacero chránených území a spolu s prítokmi vytvára miestami jedinečné biotopy so vzácnymi druhmi rastlín a živočíchov. Často sa nachádzajú na tzv. dunajských ostrovoch a ponúkajú množstvo zaujímavých miest na objavovanie. Vodné mlyny, studne, elektrárne a sútoky riek aj skutočne nedotknuté lužné lesy. Viacero z nich leží aj na území Bratislavy.
Slovanský ostrov
Ostrov je prírodnou rezerváciou s najvyšším stupňom ochrany, keďže je jedným z posledných autentických zvyškov dunajských lužných lesov. Leží obkolesený devínskym ramenom Dunaja pri mestskej časti Devín. Nájdete tu najmä vŕbovo-topoľové nížinné lužné lesy a rôzne jedinečné vodné a močiarne spoločenstvá. Vďaka bielej vŕbe je Slovanský ostrov jedným z mála území na Slovensku, na ktorom žijú bobry, ktoré túto drevinu obľubujú. Vďaka štrkopieskovým náplavom je tento ostrov, ktorý prezývajú aj Sedláčkov, zdrojom pitnej vody. Verejnosť sa tu preto môže pohybovať len po vyznačených trasách.
Ostrov Sihoť
Riečny ostrov je z jednej strany ohraničený hlavným tokom Dunaja a z druhej Karloveským ramenom. Zaujímavosťou je, že ho tvoria prevažne kremičité štrkopiesky, vďaka ktorým patrí voda na ostrove medzi najkvalitnejšie v strednej Európe. Oficiálny vstup na ostrov je cez riečny most, ktorý je pre verejnosť uzavretý. Sihoť je totiž na prehliadky sprístupnený len niekoľkokrát do roka. Tie sú unikátnym zážitkom, keďže ostrov je takmer nedotknutý. Nachádzajú sa tu vzácne lužné lesy a medzi nimi ukryté studne a vodárenské domčeky.
Ostrov je chránený vodárenský areál a historicky prvý vodárenský zdroj pre Bratislavu od roku 1886. V jeho severnej časti sa nachádza externá expozícia Vodárenského múzea, kde je možné navštíviť prvú vodárenskú studňu, elektrickú čerpaciu stanicu či podzemie, z ktorého vychádza sto metrov dlhý priechodný betónový tunel s vodovodnými potrubiami uloženými pod Karloveským ramenom. Pri zvýšenej hladine Dunaja je ostrov zaplavovaný, no studne sú budované a zabezpečené tak, aby do nich riečna voda neprenikala a udržali si svoju čistotu.
Starohájsky ostrov
Súčasná podoba ostrova sa začala tvarovať od polovice 18. storočia, keď sa v dôsledku vplyvu človeka, ale aj hydrogeologických prejavov koryto Dunaja často menilo. Nahromadenie nánosov štrku a piesku zmenilo celkovú tvárnosť terénu a postupne vyformovalo dnešný ostrov. Starý háj sa nachádza v mestskej časti Petržalka, medzi Dolnozemskou cestou, známou dunajskou hrádzou a Dunajom. V roku 2015 tu bola vyhlásená prírodná rezervácia so 4. a 5. stupňom ochrany prirodzeného lužného lesa s výskytom viacerých chránených druhov rastlín a živočíchov.
V starších oblastiach ostrova mali stromy pralesný charakter, preto sa mu hovorí aj „petržalský prales“. Nechýbajú tu mohutné stromy, chodníky, trávnaté plochy plné kvetov v jarnom období, ako aj kamenné a piesčité pláže. Starý háj ukrýva ešte jednu zaujímavosť: vojenský bunker B-S 15, ktorý má názov „Ostrov“. Nachádza sa na najjužnejšom cípe a kedysi bol súčasťou prvorepublikového opevnenia Bratislavy, ktorým bola ukončená obranná línia bratislavského predmostia v roku 1937.
Kopáčsky ostrov
Pre veľa Bratislavčanov je synonymom oázy pokoja. Ticho všade navôkol, príroda pripomínajúca africkú savanu. Ostrov síce taktiež vznikol nahromadením nánosov štrku a piesku, ktoré priniesol Dunaj, ale voda cez ne nepresakuje, a preto tu má príroda lesostepný charakter. Nachádza sa medzi Podunajskými Biskupicami a Dunajom neďaleko Biskupického ramena. Územie bolo v roku 1976 vyhlásené za prírodnú rezerváciu a je zaradené do 5. stupňa ochrany.
Rastú tu vzácne stepné a lesostepné spoločenstvá, ochranári tu dokonca pasú ovce a kozy. Práve tie za pár sezón spasú invázne rastliny a napomáhajú tak k udržiavaniu prírodnej rovnováhy. Obyvateľmi ostrova sú aj modlivka zelená, motýle vidlochvosty a náš najväčší hniezdiaci dravec – orliak morský, ktorý je zákonom chránený. Zaujímavosťou je, že sa dlhé roky vracia do rovnakého hniezda, ktoré môže vážiť 200 až 300 kilogramov.
Dunajské ostrovy
Cesta cez prírodnú rezerváciu s názvom Dunajské ostrovy patrí medzi najobľúbenejšie najmä pre obyvateľov Petržalky. Cyklochodník, ktorý vedie od Dostihovej dráhy, sem privádza dennodenne cyklistov aj korčuliarov, aby sa pokochali krásou dunajskej prírody. Nachádzajú sa v katastrálnom území obce Rusovce, kde boli v minulosti mohutné dunajské ramená oddeľujúce viaceré ostrovy. Zmena nastala pri realizácii stavby Vodného diela Gabčíkovo, keď ostrovy mali byť vyrúbané a zatopené. Našťastie sa tak nestalo a územie sa stalo poldrom (nachádza sa pod úrovňou hladiny vody Dunaja). V roku 2002 boli Dunajské ostrovy vyhlásené za prírodnú rezerváciu z dôvodu zabezpečenia ochrany biotopu lužného lesa a biotopu mokradí, ako aj typického rázu lužnej krajiny. Viditeľná je najmä počas jarných mesiacov, keď v okolitých lesoch vytvára koberce snežienok a medvedieho cesnaku.
Na severnej strane je ich hranicou rameno s hausbótmi pri poldri a východnou je rieka Dunaj. Na druhej strane hrádze sa oproti ostrovom nachádza Rusovské jazero a park, ktorým prechádza Rusovský kanál kedysi využívaný na člnkovanie. Na južnom konci sa nachádza Hrušovská zdrž a za ňou známa vodná elektráreň Čunovo, areál Divoká voda či múzeum Danubiana.
Cesta rieky Dunaj ďalej vedie okolo vodného diela Gabčíkovo cez chránenú krajinnú oblasť Dunajské Luhy, ktorá predstavuje významný biotop vodného vtáctva. Nachádza sa tu aj veľmi vzácny a chránený Ostrov orliaka morského, kde tento dravec hniezdi. Dunaj je zároveň v úseku medzi obcami Dobrohošť a Sáp domovom pre viacero druhov rýb. Pri splavovaní rieky je možné nájsť miesta na oddych, rôzne zákutia s vodnými mlynmi, zátokami či malé vodné elektrárne. Za návštevu stojí aj Veľkolélsky ostrov pri Zlatnej na Ostrove, ktorý je biotopom lúčnych, lesných a mokraďových rastlín. Dostať sa naň dá cez „Mahulienin most“, ktorý bol pomenovaný po Mahuliene, zlatej panne, z filmovej rozprávky, ktorá sa tu nakrúcala. Posledný z väčších dunajských ostrovov je Alžbetin ostrov pri Komárne a posledné dunajské ostrovy sa nachádzajú pri sútoku Dunaja s Hronom oproti Ostrihomu.
